Създадена е през 1994 г. на основата на 2-ра изтребителна ескадрила и осигуряващите тилови и свързочни поделения от състава на 1 дПВО- Божурище.
През 1964 г. след приучване на летателен и технически състав на МиГ 21 в Съветския Съюз на летище Габровница се формира и пребазира 2-ра авиоескадрила на 18-ти иап.
На 19 февруари 1965 г. първи каца командирът на ескадрилата майор Недялков. Авиоескадрилата е въоръжена с фронтовите прехващачи МиГ 21 ПФ и бързо застъпва в бойно дежурство. През 1969 г. допълнително са получени три броя МиГ 21 М, а през 1976 г. и 1981 г. още 10 самолета МиГ 21 ПФМ - втора ръка.

От есента на 1968 г. 2-ра иае в състава на 18-и иап влиз под командването на 1-ва дПВО-Божурище.
През 1984 г. летателният и технически състав се приучва на самолет МиГ 23 и от лятото на същата година ескадрилата се превъоръжава с прехващачи МиГ 23 МЛА, УБ и основно е предназначена за защита на София и АЕЦ –Козлодуй. От 1991 г. в щата на ескадрилата са включени учебно- тренировъчните самолет L-29.
През есента на 1984 г. авиоескадрилата се отделя от 18-и иап и преминава към базова структура, като получава номерация 2-ра изтребителна авиобаза. От септември 1996 г. базата е включена в състава на новосформирания корпус ПВО-София.
Съгласно “План 2004” за реформите в Българската армия през есента на 1998 г. авиобазата прекрати своето активно съществуване, а окончателно е закрита през юни 2002 г